Os Jogos Escolares da Juventude serão disputados em novo formato em 2018. Após as visitas de inspeção nas cidades candidatas, o Comitê Olímpico do Brasil (COB) definiu que as etapas regionais, destinadas a classificar as modalidades coletivas, serão realizadas nas cidades de Natal (RN), Manaus (AM) e Joinville (SC). E definiu também que Natal sediará a etapa nacional, reunindo mais de seis mil atletas das categorias 12 a 14 e 15 a 17 anos. De acordo com o COB, o novo formato gerará uma redução orçamentária de aproximadamente 30% em relação aos anos anteriores.
A fase nacional em Natal será disputada entre 12 e 25 de novembro e terá 14 modalidades: atletismo, badminton, basquete, ciclismo, futsal, ginástica rítmica, handebol, judô, natação, tênis de mesa, vôlei, vôlei de praia (apenas na categoria 15 a 17 anos), xadrez e wrestling.
As etapas regionais serão disputadas por cerca de 1.100 atletas. Nelas serão definidos os classificados do basquete, futsal, handebol e vôlei para a fase nacional de Natal, nas duas categorias etárias. A primeira será realizada na capital do Rio Grande do Norte, de 12 a 16 de setembro. Manaus (AM) receberá pela primeira vez uma etapa da maior competição escolar do país, entre 19 e 23 de setembro. Já Joinville (SC) será a sede da terceira fase regional entre 26 e 30 de setembro.
Para definir as sedes do evento, o COB realizou diversas visitas de inspeção às 16 cidades candidatas. Três quesitos foram avaliados para a escolha da cidade-sede da etapa nacional: determinação da cidade para realizar o evento, rede hoteleira compatível e locais adequados para a competições. A regionalização por etapas permite que cidades com infraestrutura menor também possam sediar o evento.